申请笔迹鉴定应当去司法部门批准的司法鉴定机构鉴定,只要有鉴定资质就可以。
一般在刑事案件中，会由公安机关部门安排鉴定；如果是民事纠纷需要鉴定可以委托律师办理相关鉴定；个人可以申请笔迹鉴定，当去司法部门批准的司法鉴定机构鉴定。
可以去国家司法鉴定名单网查找鉴定机构是否合法，是否具备相关鉴定资格。社会上有很多司法局、司法厅、司法部批准的司法鉴定机构，只要有资质，就是可以做笔迹鉴定的。
笔迹鉴定需要收费，每个地区的收费标准各不相同。
法律依据
《司法鉴定程序通则》规定 司法鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书、收到送检材料和鉴定费之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。特殊情况经本机构负责人批准可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。