变造国家机关机关证件罪的立案标准：伪造、变造或者买卖国家机关的公文、证件、印章的，应当立案。本罪是行为犯，只要行为人实施了伪造、变造或者买卖国家机关公文、证件、印章的行为，原则上就构成犯罪，应当立案追究。