由于存货(现货)质押贷款业务涉及到仓储企业、货主和银行三方的利益，因此要有一套严谨、完善的操作程序。
首先，货主(借款人)与银行签订《银企合作协议》、《账户监管协议》仓储企业、货主和银行签订《仓储协议》同时仓储企业与银行签订《不可撤销的协助行使质押权保证书》。
其次，货主按照约定数量送货到指定的仓库，仓储企业接到通知后，经验货确认开立专用存货仓单货主当场对专用存货仓单作质押背书，由仓库签章后，货主交付银行提出存货(现货)质押贷款申请。
再其次，银行审核后，签署贷款合同和存货(现货)质押合同，按照存货价值的一定比例放款至货主在银行开立的监管账户。
最后，贷款期内实现正常销售时，货款全额划入监管账户，银行按约定根据到账金额开具分提单给货主，仓库按约定要求核实后发货贷款到期归还后，余款可由货主(借款人)自行支配。