自然人独资公司股权转让协议需要包含的内容有：
1、双方的法定代表以及委托人;
2、股权转让的价格及转让款的支付期限和方式;
3、有关合营公司盈亏(含债权债务)的分担;
4、违约责任的问题;
5、协议书的变更或解除;
6、有关费用的负担;
7、争议解决方式;
8、生效条件。