街头巷尾盛传出现了一辆幽灵列车。桃塔罗斯一行出发寻找，却遇上了假面骑士幽汽，而他的真身竟是遭绑架的良太郎。在幽汽的凌厉攻势下，侑斗身受重伤。赶来救助的是坐着崭新的时空列车的新的电王战士。以良太郎留下话——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行坐上列车驶向300年前的过去。 究竟是谁绑架了良太郎迫使他变身？又是谁在暗中策划扭转生死、改变历史的阴谋？面对可怕的新敌人，良太郎展开了最后的战斗。